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元嘉十六年（439年），拓跋焘在崔浩的谋划和同宗秃发南凉遗族源贺的协助下，率军攻破姑臧，北凉灭亡。至此，北方自苻坚之後再次统一，这一年也标志着中国历史上约一个半世纪南北朝对峙的开始。北凉统治的河西地区保存了大量中原的器物制度——在中原丧乱时安定的凉州吸引了不少大家士族前去避难，现在这些都通过拓跋焘对河西的统一重新传回了中土，因此北魏有可能更充分地吸收汉族的文化精华，这也为後来元宏彻底汉化的改革奠定了雄厚的基础。北凉的统治者沮渠氏出自匈奴卢水胡，国灭後，馀众西迁，政权在西域还残存了一段时间，後为柔然所灭，至此，匈奴人的势力在整个东亚都衰落了——西方的匈奴帝国也在同一时期崩溃。这个曾与秦汉对峙、灭亡西罗马的民族终於走到了它生命的尽头，不过，另一个将同隋唐争雄、征服东罗马的民族则正在崛起，这就是突厥。突厥的起源至今未有定论，但是根据《隋书》的记载，在北凉沮渠氏政权灭亡时，有“平凉杂胡”五百户投奔柔然，这就是後世突厥阿史那氏的祖先，据薛宗正氏考证，这些部落先在高昌北山隐居，曾接受高车的统治，後来才作为“锻奴”归顺柔然，北迁金山（阿尔泰山），到六世纪中期突然强大起来，击破柔然，征服铁勒诸部，建立了盛极一时的突厥汗国。突厥人和匈奴人的关系是一个尚待探讨的极其复杂的问题，不过将突厥视为匈奴的继承者则是一个很容易令人接受的观念，这也可以解释为什么迪斯尼的动画片《木兰》会遭到土耳其如此强烈的抗议和抵制。
北方虽然统一，但是其稳固性尚需检验。苻坚的前秦帝国在统一北方之後的十几年便发动了对东晋的南北大战，但淝水之战的失利使北方再次分崩离析；而发生在元嘉二十七年（450年）的这场宋魏大战才真正确立了南北对立的局面。此前，南方除偶有动乱外，基本上是统一的；地势险远的巴蜀容易割据，但在桓温灭掉成汉之後，便未再发生过大的分裂。南渡初期，民心思归，这时进行的北伐还是很有群众基础的。最有成果的一次北伐由刘琨的好友祖逖领导，本已全部收复黄河以南的故土，不料後方的内斗和猜忌使祖逖进取无望，遂抱恨而终，中原复又沦陷於後赵。殷浩虽一表人材，然带兵作战实非所长，他北伐的主要目的是想遏止桓温势力膨胀之势，但处处受到占据东晋大半资源的桓温的掣肘，因此终归失败也就不是什么“咄咄怪事”了。桓温北伐的成果也很可观，不但收复了洛阳，还一度进兵灞上，但是，他同样也不是全心全意要收复失地，加上那时他的对手又是老谋深算的慕容恪，後方的反对派也不时发难，所以河洛得而复失亦在所难免。到了东晋後期，江南经过近百年的经营开发，世家大族的产业已经根深蒂固，寒族百姓也安居乐业，这时再提北伐就不像当初那么有号召力了。刘裕的北伐就主要是为自己篡位准备资本，所以当他听说长安失守後，也只能北望流泪而已。当然，失地能否容易地重新接受汉人的统治还取决於实际的种族分布状况，像戎虏混杂的关中，就不可以那么简单地只用军事的手段加以收复。刘义隆北伐的主要目的，在於夺回河南的失地，特别是虎牢、洛阳、滑台三镇，这是在刘裕死後被魏明元帝拓跋嗣乘机占领的。元嘉七年的那一次，因消极防守，沿河将兵力分散，故被击败赫连夏的魏军乘势重新夺回；这次的准备则更为充分，由大将王玄谟、柳元景率领，兵分两路北伐。
拓跋焘其实早有南侵的意图，但是为其制定“先北後南”策略的得力谋臣崔浩却一直加以阻挠。崔浩是北魏政权中汉人士族的代表，出自号称北方第一大族的清河崔氏，祖先崔林曾任曹魏的司空，父亲崔宏为拓跋珪佐命功臣。崔浩历经道武、明元、太武三朝，在明元帝时开始受到重用。他曾对拓跋嗣品评近世人物，认为：王猛可以说是秦主苻坚的管仲，慕容恪可以说是燕主慕容暐的霍光，而刘裕则可以说是晋主司马德宗的曹操；在比较慕容垂和刘裕时，崔浩认为後者远胜前者，因为慕容垂承父祖之资，而刘裕崛起寒庶——当然，这里面不乏贬低魏国从前的敌人慕容燕的意味，但对处於极重门第的南朝的刘裕凭一己之身创功立业的评价应该说还是相当中肯的。其实，无论从何方面来说，崔浩都丝毫不逊於辅佐刘备的诸葛亮，只是夷夏大防使拓跋焘不敢完全信任崔浩，而处於不南不北之间的崔浩最终死於国史一狱又令其辉煌的功绩减色不少。
崔浩真正的死因也许永远是一个不解之谜，但是以下几点事迹可以帮助我们增进对这一悬案的了解。北魏国中汉人势力和鲜卑人势力的斗争始终是很尖锐的，出身汉族大家的崔浩处於矛盾漩涡的焦点之中，必然尽可能小心翼翼，但从感情上说，他肯定是倾向南方的，因此一再阻挠北魏南征，只是代晋的刘宋出身太低，崔浩自不愿轻易屈就；再则，南方内乱频仍，北方虽然是异族统治，但民风淳朴，正可以大力施行仁政、推重儒家教化。还有就是，崔浩很赏识北方天师道的教主寇谦之，他向拓跋焘大力推荐汉族宗教的代表道教，同时也含有排斥胡人异端宗教的意味。在灭掉北凉、统一中夏之後，拓跋焘准备偃武修文，於是在寇谦之的奉迎下，改年号为“太平真君”（元嘉十七年，440年），实质上是将道教定为了国教。但是易於接受胡人宗教的鲜卑贵族大部分是信奉那时刚从西域传入未久、正处於上升之势的佛教的，包括太子拓跋晃在内的鲜卑势力遂与崔浩、寇谦之为首的汉人势力发生了尖锐的矛盾，元嘉二十三年（4 46年），在镇压盖吴起义的过程中发现长安的沙门涉嫌卷入乱党，於是在崔浩的鼓动下，拓跋焘下令禁止佛教「这就是中国佛教历史上著名的“三武灭佛”
之首，另两位分别是北周武帝和唐武宗」，汉人暂时得势。但是，崔浩多次对南征的阻挠使拓跋焘疑心渐重，加上他不顾众人劝阻执意推行汉族制度，以信佛的太子为首的鲜卑势力终於忍无可忍，遂以崔浩修国史“典而不备”为由，逼使拓跋焘杀死崔浩全族，时为元嘉二十七年（450年）「崔浩死前，遭到百般污凌，这与其七十岁的高龄和开国元勋的身份实在太不相符，此之谓“寿则多辱”哉？」。
崔浩死後，魏国南征的内部阻力已经排除，拓跋焘和刘义隆几乎同时作好了南征和北伐的准备。虽然战事首先由宋军挑起，但魏军却很快反客为主，将战火烧到了宋国境内。一方是宋文帝刘义隆，一方是魏太武帝拓跋焘，一文一武，结果可想而知。不过这也并非事先就已注定，若刘裕及其宿臣名将犹在，则胜负难料，至少也不会败得如此之惨；可是刘义隆即位後大杀旧臣，唯一幸存下来能抗击魏兵的前朝大将檀道济，也在元嘉十三年（436年）被处死，一同遇害的还有他“并有才气”的诸子和时人比为“关张”的两大副将。据载，檀道济听到要处死他的消息，气得把头巾都扔到地上，恨恨地说：“乃坏汝万里长城！”——这和十八年後罗马帝国保卫者埃提乌斯的遇刺颇有相似之处，後人在评价这一事件时写道：瓦伦提尼安是在“用右手砍掉自己的左手”。